Povzetek
Cannabis sativa je dobro znana rastlinska vrsta, ki ima velik gospodarski in ekološki pomen. Leta 2011 je bil z uporabo programske opreme SOAPdenovo pridobljen nepopoln genom klonirane C. sativa. Za nadaljnje raziskovanje uporabe tega rastlinskega vira smo z uporabo enomolekularnega sekvenciranja PacBio in tehnologije Hi-C ustvarili posodobljen osnutek genomskega zaporedja za divje sorte C. sativa na Kitajskem.
Naš sestavljeni genom je velik približno 808 Mb, velikost skeletov in kontigov N50 pa je 83,00 Mb oziroma 513,57 kb. Ponavljajoči se elementi predstavljajo 74,75 % genoma. Anotiranih je bilo 38 828 genov, ki kodirajo beljakovine, od katerih jih je bilo 98,20 % funkcionalno anotiranih. Zagotavljamo prvi celovit de novo genom divjih sort C. sativa, razširjenih v Tibetu na Kitajskem.
Zaradi dolgotrajne rasti v divjem okolju imajo te sorte večjo heterozigotnost in vsebujejo več genetskih informacij. Ta genetski vir je zelo pomemben za prihodnje raziskave presnovnih poti kanabinoidov in bo pomagal pri spodbujanju komercialne pridelave C. sativa in učinkovite uporabe kanabinoidov. Sestavljeni genom je tudi dragocen vir za intenzivno in učinkovito raziskovanje genoma C. sativa v prihodnosti.
Avtorji: Shan Gao, Baishi Wang, Shanshan Xie, Xiaoyu Xu, Jin Zhang, Li Pei, Yongyi Yu, Weifei Yang, Ying Zhang
Horticulture Research, Volume 7, 2020, 73, https://doi.org/10.1038/s41438-020-0295-3
